売掛金の回収を確実にするために、不動産を担保にしようと思っています。抵当権と根抵当権について教えてください。

取引先様との取引が続くのであれば、根抵当権を設定されるのが良いでしょう。

まず、抵当権と根抵当権について説明します。
抵当権とは、債務者または第三者（抵当権設定者）が、不動産などの担保物権の所有権・占有権を債権者（抵当権者）に移転することなく、抵当権設定者が担保物権を利用しながら担保を設定するものです。抵当権は、特定の債権（貸付金、売掛金など）に対して設定したり、過去の売掛金をまとめて弁済の契約を締結する際に設定したりします。
　根抵当権とは、抵当権の一種ですが、一定の範囲に属する不特定の債権について、一定の範囲の極度額を限度に担保するところが抵当権と異なります。つまり、継続した取引によって、債権額が増減したり、債権が発生・消滅を繰り返す場合、一度根抵当権を設定しておけば、ある一定の極度額の範囲内の債権である限り、抵当権のようにその都度根抵当権を設定する必要はありません。
債務の弁済がなされない場合、抵当権者・根抵当権者は、裁判手続を経なくとも、担保権の実行としての競売手続を取り、競売代金から優先的に弁済を受けることがでます。また、抵当権者・根抵当権者は、担保物権の任意売却に応じる場合も売却代金から優先的に弁済を受けることができます。
　この弁済の順序は、抵当権、根抵当権のいずれも、登記された順位に従います。そのため、抵当権、根抵当権とも、担保権の設定と同時に登記をすることと登記の順位が非常に重要となります。
　現在も取引先様との取引を継続中であるか、これからも取引を継続なさるご予定であれば、売掛金に変動が生じますので、根抵当権を設定されるのが良いでしょう。