FC本部ですが売り上げが低迷していて加盟店から訴訟をされそうです

商売(マーケティング)の原理原則、FC本部の理念の部分に戻る事です。

加盟店の場合特に初めての独立開業の店舗が赤字続きだとどうしても本部との関係は悪くなりますので、悪化する前に少しでも早くに対応をする事だと思います。
実際の過去の事例からすると売り上げが大きく予測から下方修正された場合に訴訟が起きるケースが多いと思います。
訴訟理由は、「売上予測と違う」、「店舗指導員のレベルが低すぎる」、「支援体制が無い」などが多いと思います。
そこで本部サイドとしては加盟店の売り上げ改善に向けて活動をしている事を日々理解してもらう必要があります。
売上分析、問題点の分析、店舗問題点の洗い出し、人材育成の手法指導、採算割れ店舗用販売促進の実施や必要に応じて経費削減の協力など(期間限定で販促費負担やロイャリティー引き下げ)などの方法で支援が必要です。また、最も大切なのは担当官の訪問回数を増やす事、社長含めて訪問指導することなどが信頼関係の構築になります。
経験上からは訪問時に各社員が自腹で買い物をするなどの目に見える協力は心理的には効果的と思います。販促物の無料提供等も効果的です。
本部の総力を挙げて分析した結果、加盟店が頑張っても現実的には採算が合わない状況の場合　店舗のリロケーションか直営で当面テコ入れしてみるか，あるいは完全撤退を決める必要があります。但し撤退の場合は契約不履行での損害賠償を請求せず、保証金返還など円満な和解案を出す事だと思います。
逆に巡回指導時の報告書に加盟店の経営者としての問題点を指摘している部分などの改善を明記してある事については売り上げのマイナス要因として徹底的に経営者の再教育をする必要があります。
注意しなければいけない事は不採算は必ずしも加盟店だけの問題では無く許可した本部も責任の一端がある事を認識して対応する事です。
相手からロイヤリティーの支払いや商品代金が止められたらまずは幹部の訪問と平行して弁護士に今後の対応を聞く事も準備として必要です。