社員が増えたがレベルが下がって困っている。業務遂行能力を上げる方法を教えて欲しい

店長に役割と機能を教え営業利益で評価する体制を作りましょう

社員が自主的に仕事をする理由は上司に褒めてもらう、怒られるなど直接的な感情から生まれる事を理解して下さい。
会社の為に働くより、自分を認めてくれる上司の為に働く事が多いのが現状です。
店舗組織を作る原則として　①ルールの共有(マニュアル含む)　②目標の共有(P/L営業利益)　③役割分担と情報の共有　④上司の承認で協働意識・帰属意識が生まれます。
簡単に言えば業務遂行能力を上げる為には、①〜④を基本として店長を評価する基準を共有する事で実際に毎月の売り上げや営業利益で店長と面談をして評価する事です。但し、　減点方式では無く加算方式で基本は褒めて次のステップを具体的に指示する事で大きく組織に変化が現れます。部下が上司に承認してもらったと意識出来るのは褒めてもらう時、　昇進した時、昇給した時なので現在15人の店長がいるので3〜5ランクに別けることからお勧めします。
その後は、営業利益を出す為に・売上を上げる・原価管理・経費削減が出来る人材育成を中心とした評価体制を築き、店舗社員に同様のシステムで店長にトレーニング・評価をしてもらいます。
一般的ですが、入社からのキャリァプランを明確にすることも大切です。
入社⇒アシスタント⇒副店長⇒店長3〜5ランク⇒スーパーバイザー⇒本部スタッフORのれんわけと進む道が明確になれば社長の指示に従うスタッフが増えると思います。　
但し、現段階ではいきなりシステムを導入した場合、不平不満が出る可能性があります。
対応方法として店長一人ひとりに個別で面談をして、良い処、今後改善して欲しい処、期待している事などを説明して店長ランキングに当てはめて下さい。
当然、ランキングアップに必要な条件は具体的に提示する事が必要不可欠です。
少し大変ですが焦らずに基準を作り、店長のランキングを考えてから組織改革に入る事をお勧めます。
また、店長会議で月末ごとに店舗の数字結果の発表の場を作る事でモチベーションも上がりますし、店長が自分のレベルも認識できるので集合教育と数字の結果発表会議は必要と思います。頑張って下さい。